Die Ausrichtung des südsudanesischen Staates in Glaubensfragen richtet sich nach dem in Artikel 23 der Verfassung festgeschriebenen Grundrecht auf Religionsfreiheit. Typisch für die südsudanesische Religionslandschaft ist ein friedliches Neben- und Miteinander von christlichen Konfessionen, Islam und auf einzelne Ethnien beschränkten traditionellen Glaubensausformungen. Die Mehrheit der Südsudanesen hängt ausschließlich oder neben ihrer Zugehörigkeit zu christlichen Kirchen beziehungsweise zur islamischen Gemeinschaft einheimischen Religionen an. Zentrale Elemente vieler dieser einheimischen Glaubensrichtungen sind die Verehrung eines Schöpfer- und Hochgottes sowie einer Reihe von Untergöttern, Ahnenkult und Totem-Praxis.

Christliche Missionstätigkeit, vor allem der römisch-katholischen Kirche und der anglikanischen Episkopalkirche, haben zu einer erheblichen, zumindest nominellen, Christianisierung der südsudanesischen Bevölkerung geführt. Nach einer Erhebung des US-Meinungsforschungsinstituts Pew Research Center waren im Jahr 2010 ungefähr 60 % der Südsudanesen getaufte Christen. Etwa 6 % der Einwohner bekannten sich nach diesem Report in Südsudan zum Islam.